Церковь в Алнашах построили между 1819 и 1836 годами в стиле классицизма. Расширена в 1903-1905 годы на средства купца Е. И. Замятина — по бокам к главному храму пристроили приделы Евфимия Нового и Хрисанфа и Дарии.

Первоначальный проект приписывают Семёну Дудину. Автором проекта расширения же доподлинно значится И. А. Чарушин.

Закрыли храм в 1940 году, венчания сломали. После разборки купола и колокольни там размещались электростанция, механические мастерские, хлебозавод, продуктовый и хозяйственный магазин.

24 января 1991 года состоялась передача здания церкви православному религиозному обществу села Алнаши. 1 июля 1991 года был назначен новый настоятель иерей Михаил Иванов, который и по сей день является настоятелем Свято-Троицкого храма села Алнаши.

После ремонта и росписи главного алтаря храма, архиепископом Ижевским и Удмуртским Николаем, в третий раз был освящен главный престол в честь Святой-Троицы. Освящение состоялось 13 июля 2003 года.